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Proposta de nova metodologia de genotipado do PCV-2

O presente estudo propõe uma definição de genótipo do PCV-2 baseada na filogenia.

3ª feira 5 Fevereiro 2019 (há 13 dias)
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O circovírus suíno 2 (PCV-2) é uma das infecções virais mais frequentes em porcos, causando um impacto económico notável devido aos custos directos e indirectos do seu controlo. Como outros vírus ssDNA, o PCV-2 é caracterizado por um alto índice de evolução, o que leva ao aparecimento de um grande número de variantes com diferentes características biológicas e epidemiológicas. Com o tempo, foram feitas várias tentativas para organizar a heterogeneidade genética do PCV-2 em genótipos reconhecidos. Essa categorização simplificou claramente as investigações epidemiológicas, permitindo a identificação de diferentes padrões espaciais e temporais entre os genótipos. Além disso, a hipótese de virulência variável e a eficácia da vacina também foram levantadas. No entanto, o rápido aumento na actividade de sequenciação, juntamente com a alta variabilidade viral per se, tem desafiado a nomenclatura estabelecida anteriormente, levando à definição de vários genótipos específicos para estudos e dificultando a capacidade de realizar estudos epidemiológicos comparáveis.

Com base nessas premissas, é apresentado um esquema de classificação actualizado.

Reconhecendo a impossibilidade de definir um limite de distância entre duas sequências (p-distância) entre os clusters, o presente estudo propõe uma definição de genótipo baseada na filogenia com base em três critérios: um p-distância intra-genótipo máximo de 13% (calculado no gene ORF2), valores bootstrap no nó interno correspondente maior que 70% e pelo menos 15 sequências disponíveis.

Este esquema permitiu definir 8 genótipos (PCV-2a a PCV-2h), seis dos quais foram previamente propostos. Para minimizar o inconveniente de implementar uma nova classificação, os nomes mais comuns foram mantidos na medida do possível. A análise de metadados associados a sequências destacou uma actividade de sequenciação altamente desequilibrada em termos de distribuição geográfica, temporal e hospedeira.
O cenário de epidemiologia molecular do PCV-2 aparece, portanto, caracterizado por um sério viés que pode levar a falsas associações entre características genéticas e características biológicas virais / epidemiológicas. Embora a classificação recomendada possa estabelecer uma "linguagem comum" para estudos futuros, mais esforços devem ser feitos para obter uma representação mais homogénea e informativa do cenário global do PCV-2.

Franzo G, Segalés J. Porcine circovirus 2 (PCV-2) genotype update and proposal of a new genotyping methodology. PLoS One. 2018;13(12):e0208585. Published 2018 Dec 6. doi:10.1371/journal.pone.0208585 PMID: 30521609 PMCID: PMC6283538 DOI: 10.1371/journal.pone.0208585

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